Martin war vor seiner Papstwahl päpstlicher Gesandter am kaiserlichen Hof in Konstantinopel. 649 wurde er zum Papst gewählt und ohne kaiserliche Bestätigung geweiht. Sein Regierungsantritt fiel in eine Zeit hitziger theologischer Streitigkeiten um das Problem des Monotheletismus, die Frage, "wieviele Willen" in Jesus wirksam gewesen seien. Die Diskussion war so heftig, dass der byzantinische Kaiser Konstantin II., der die Einheit der Kirche und des Reiches angesichts drohender muslimischer Angriffe erhalten wollte, 648 jede weitere Diskussion über dieses Thema strikt verbot.